Комисията получава редовно доклади за качеството на питейната вода от страните членки, които анализира внимателно. В повечето страни от ЕС питейната вода е с отлично качество, но положението в селските райони не е толкова добро.
Фермите могат да бъдат сериозен източник на замърсяване, тъй като изкуствени торове, оборски тор и пестициди редовно попадат в реки, потоци и езера. На полето те подпомагат растежа на реколтата, но във водата могат да предизвикат сериозно увеличаване на водораслите. Това води до намаляване на кислорода във водата и оттам - до задушаване на риби и други организми. Затова се извършват строги проверки какво се използва на полето и кога.
Химичните вещества, използвани за унищожаване на нежелани вредители или растения, също могат да имат опустошителен ефект върху водните растения и животни. Ето защо въздушното пръскане е забранено, а течащите води са защитени от буферни зони.
Някои отрасли произвеждат вещества, които увреждат околната среда и човешкото здраве, но строгите закони и по-чистите технологии доведоха до намаляване на замърсяването на водите от промишлеността.